Klimat na terenie gminy jest typowy dla Pojezierza Poznańskiego. Cechą szczególną klimatu tego Pojezierza jest wzajemne oddziaływanie powietrza morskiego i kontynentalnego. Powoduje to dużą zmienność stanów pogody. Niekorzystną cechą klimatu jest niski poziom opadów atmosferycznych, powodujący długotrwałe susze. Roczna suma opadów atmosferycznych (obliczona na podstawie wieloletnich obserwacji) wynosi 520 mm. W roku 2000 było tylko 485 mm opadów atmosferycznych.
Gmina Duszniki leży na falistej równinie moreny dennej urozmaiconej wzniesieniami polodowcowymi. Krajobraz jest równinny, w którym dominują położone wokół wiosek pola uprawne i łąki.
Teren gminy Duszniki należy do zlewni rzeki Obry. Płyną przez gminę rzeki: Mogilnica Górna (38 km), Mogilnica Wschodnia (31 km), Mogilnica Mała (9 km). Są tutaj dwa małe, płytkie jeziora: Wilczyńskie (8,5 ha) i Niewierskie (3,5 ha).
Środowisko przyrodnicze cechuje się stosunkowo dużą bioróżnorodnością. Wśród pól uprawnych i łąk znajdują się zadrzewienia.
Zbiorowisko leśne stanowią zespoły borowe (bory mieszane świeże z przewagą sosny) oraz zespoły dąbrów (lasy świeże) - dęby z nieznaczną domieszką sosny i brzozy. Podszycie średnie tworzą krzewy leszczyny i jarzębiny. Runo jest bogate, trawiasto - krzewinkowe. Bory występują w części południowo - zachodniej gminy, wzdłuż Mogilnicy.
Jest tutaj także bogata fauna. Ptaki występują w środowiskach wodno - błotnych i leśnych. Istnieją trzy miejsca gniazdowania gatunków chronionych: jedno bociana czarnego i dwa żurawia w rejonie torfowisk Niewierza i Wilczyny oraz w zabagnionych fragmentach śródleśnych uroczysk.
Wzdłuż Mogilnicy Wschodniej jest rezerwat leśny "Duszniczki" o powierzchni 0,77 ha, obejmujący chronione modrzewie (utworzony w 1958 r.).
W wielu miejscowościach znajdują się parki dworskie, a mianowicie:

• park dworski w Sarbi - (6,75 ha), 
• park dworski w Dusznikach - (3,14 ha),
• park dworski w Niewierzu - (2,80 ha),
• park dworski w Podrzewiu - (1,75 ha),
• park dworski w Wilczynie - (1,00 ha),
• park dworski w Ceradzu Dolnym - (9,28 ha),
• park dworski w Brzozie - (4,07 ha),
• park dworski w Sękowie - (3,36 ha),
• park dworski w Sędzinach - (2,95 ha).

Brak dużych zakładów przemysłowych i prawidłowa agrotechnika stosowana przez ogół rolników, dobrze zorganizowana gospodarka odpadami sprawiają, że środowisko naturalne jest stosunkowo dobrze zachowane.